Secara umum, pelaksanaan SPMI UPN “Veteran” Yogyakarta dikelola oleh LP3M dan berkoordinasi dengan setiap pimpinan pada setiap aras unit kerja.  Dekan Fakultas, Ketua Jurusan, Kepala Biro, Kepala UPT, dan Ketua Lembaga bertanggungjawab atas terbentuknya organisasi mutu dan terlaksananya penjaminan mutu di unit masing-masing. Pengelolaan SPMI UPN “Veteran” Yogyakarta digambarkan secara skematis pada struktur organisasi pelaksanaan implementasi SPMI UPN “Veteran” Yogyakarta. Ketentuan ini tertuang dalam Kebijakan Mutu UPN Veteran Yogyakarta yang ditetapkan oleh Rektor setelah memperoleh pertimbangan Senat Universitas.

Pengelolaan SPMI di lingkungan UPN “Veteran” Yogyakarta dideskripsikan sebagai berikut: 

1. Pelaksanaan SPMI langsung dilakukan oleh Rektor melalui LP3M sebagai unit kerja yang bertanggung jawab atas pengembangan pembelajaran dan penjaminan mutu di UPN “Veteran” Yogyakarta dengan mendapatkan pertimbangan dari Senat Universitas. 

2. Para Wakil Rektor bertanggungjawab atas pelaksanaan SPMI dalam bidang tugas masing-masing secara aktif maupun atas instruksi dari Rektor dan dengan melibatkan LP3M dalam menjalankan tugas tersebut.

3. Para Dekan melaksanakan kegiatan SPMI di Fakultas sesuai dengan kewenangannya dan sesuai dengan standar mutu yang telah ditetapkan oleh masing-masing fakultas dan mengkoordinasikan pelaksanaan penjaminan mutu di jurusan dan program studi. 

4. Ketua LP3M dalam pelaksanaan SPMI berkoordinasi dengan Dekan Fakultas, Ketua Jurusan, Kepala Biro, Kepala UPT, dan Ketua Lembaga melalui Tim Pelaksana (Timlak) Penjaminan Mutu pada setiap unit kerja. 

5. LP3M membentuk Tim Auditor yang terdiri dari perwakilan Jurusan/Prodi yang terlatih dalam pelatihan/workshop auditor yang diselenggarakan oleh internal maupun eksternal.

6. Ketua LP3M melakukan evaluasi kinerja mutu yang dilakukan melalui kegiatan Audit Mutu Internal (AMI) secara periodik sedikitnya setahun sekali dan Monitoring dan Evaluasi (MONEV) Pembelajaran setiap akhir semester.

7. Perumusan Kebijakan tindak lanjut temuan audit mutu dilakukan dalam Rapat Tinjauan Manajemen (RTM) secara berjenjang dari level program studi, fakultas dan universitas.

Peran dan fungsi pelaksana SPMI di lingkungan UPN “Veteran” Yogyakarta dideskripsikan sebagai berikut: 

1. Senat Universitas dengan tugas dan wewenangnya berperan dalam perumusan norma dan ketentuan akademik.

2. Pimpinan Universitas sebagai lembaga eksekutif tertinggi bertanggung jawab atas penyelenggaraan SPMI sesuai standar yang telah ditetapkan. Pimpinan Universitas bertanggung jawab merumuskan kebijakan mutu dan disahkan setelah mendat pertimbangan Senat Universitas

3. Lembaga Pengembangan Pembelajaran dan Penjaminan Mutu (LP3M) berperan sebagai koordinator harian pelaksanaan SPMI di lingkungan UPN “Veteran” Yogyakarta dan di dalam pelaksanaannya LP3M melaporkan hasil kinerjanya secara berkala kepada Rektor dan/atau Wakil Rektor I.

4. Di tingkat Universitas, para Kepala Biro, Kepala UPT, dan Ketua Lembaga sebagai penanggung jawab penjaminan mutu di unit masing-masing membentuk Tim Pelaksana (Timlak) Penjaminan Mutu Unit.

5. Di tingkat Fakultas, Dekan sebagai penanggung jawab penjaminan mutu, membentuk Tim Pelaksana (Timlak) Penjaminan Mutu Fakultas dan secara ex officio Wakil Dekan I menjadi ketua.

6. Pimpinan Fakultas terdiri atas Dekan dan Wakil Dekan yang merupakan lembaga eksekutif tertinggi di fakultas yang bertanggung jawab terhadap pelaksanaan sistem penjaminan mutu. Di dalam mengemban tanggung jawab akademik, Dekan dibantu oleh Wakil Dekan yang bertanggung jawab atas terlaksananya kebijakan mutu, manual mutu, dan standar mutu yang telah ditetapkan di tingkat universitas. 

7. Di tingkat Jurusan atau Prodi, Ketua Jurusan sebagai penanggung jawab penjaminan mutu membentuk Tim Pelaksana (Timlak) Penjaminan Mutu Jurusan dan secara ex officio Sekretaris Jurusan menjadi ketuanya

8. Ketua Jurusan menjamin terlaksananya sistem penjaminan mutu tingkat Prodi.

9. Ketua Jurusan dan Prodi bertanggung jawab atas terlaksananya proses perencanaan pembelajaran, pelaksanaan pembelajaran, evaluasi pelaksanaan proses pembelajaran, pengendalian proses pembelajaran, dan peningkatan proses pembelajaran.

10. Tim Auditor melakukan monitoring dan evaluasi pembelajaran setiap akhir semester dan audit mutu internal setiap akhir tahun akademik pada prodi dan lembaga di UPN “Veteran” Yogyakarta.